Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi'nde bilimsel yayın kalitesinin ve sayısının arttırılması, araştırmaların yaygınlaştırılması, uluslararası görünürlüğün artırılması amacıyla kapsamlı akademik teşvik sistemi uygulanmaktadır. Akademik teşvik uygulaması 7 başlık altında gruplandırılmıştır:
✓ SCIE, SSCI, AHCI kapsamındaki bilimsel yayınları teşvik
✓ ESCI veya SCOPUS kapsamındaki bilimsel yayınları teşvik
✓ TR Dizindeki bilimsel yayınları teşvik
✓ BKCI veya SCOPUS kapsamındaki kitap/kitap bölümü yazarlığı teşvik
✓ Araştırma projelerini teşvik
✓ Patent, Faydalı Model teşvik
✓ Makale İşlem Ücreti (APC) Desteği